30 giugno 2020 ore 16.30-18.30
Il controllo dello sviluppo di un’epidemia necessita di indicatori capaci di evidenziarne l’intensità di crescita/decrescita sia dei contagi che dell’insorgere delle conseguenti patologie. Due indici utilizzati in questi mesi sono l’Rt e l’RDt oltre alle stime ottenute con i modelli SIRD. Gli indici vengono calcolati o sulla data dell’esito positivo del test orofaringeo o sulla data dell’inizio sintomi ricostruita per via anamnestica. Questo Webinar vuole descrivere le diverse metodiche e confrontarne i risultati per arrivare a valutare quali ne siano le opportunità di utilizzo a fini delle attività di contenimento e di prevenzione dell’epidemia.
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Question & Answer
Salve a tutti. La mia domanda è in riferimento al pacchetto EpiEstim in R per stimare Rt. La funzione “discr_si”, che calcola la distribuzione discreta degli intervalli seriali, assume che la distribuzione discreta degli intervalli seriali sia una Gamma con shift 1. Tra i parametri di input, vi è la media. La Gamma va considerata già shiftata? Oppure è necessario aumentare la media (il parametro di input “mu”) di 1? Grazie mille a chi potrà rispondere.
Risposta: La distribuzione Gamma da utilizzare viene shiftata dall’algoritmo, quindi vanno utilizzati i parametri di media e deviazione standard originari (in particolare, la media non va aumentata di 1).
Per l’indice RDt, qual è la data di riferimento? Data insorgenza sintomi? O altra? Grazie
Risposta: Per l’RDt è la data della diagnosi, che nei nostri dati viene assunta come coincidente con la data di notifica della positività del tampone.
i dati “elementari” della “protezione civile” possono essere scaricati facilmente. i dati elementari della “sorveglianza sanitaria” di Regioni-ISS possono essere scaricate facilmente?
Risposta: Purtroppo no, e questo è una delle situazioni che dovrebbero essere modificate per permettere a chi lo voglia di fare analisi indipendenti ad esempio da quelle dell’ISS. I dati che abbiamo utilizzato per l’analisi delle tre regioni e una provincia presentati ci sono stati forniti per cortesia tramite contatti personali
Per Manuele Falcone: Buonasera, chiedo da cosa dipende la scelta del lag5 o lag7 dell’RDt. Grazie mille
Manuele Falcone: Salve, non si sceglie il tempo di generazione, ma si mostrano più lag perché potrebbero dipendere da più tempi di generazione. L’indice RDt prevede una descrizione senza fissare in maniera rigida il t di generazione.
nel caso di Sars-Cov-2 ipotizzare che la distribuzione dei tempi seriali è un proxit della distribuzione dei tempi di generazione che criticità presenta? nel caso in oggetto la capacità di contagiare può avvenire anche qualche giorno prima della comparsa dei sintomi?
Risposta: Nel calcolo dell’Rt se se ne disponesse si utilizzerebbe la data del contagio; non potendola conoscere si ipotizza che questa sia precedente alla data di inizio sintomi per un tempo costante almeno nella finestra dell’analisi. Questo probabilmente non è sempre vero ma l’errore che si compie non dovrebbe essere molto elevato.
L’uso dell’indice RDt è stato pubblicato o sottoposto a una rivista scientifica?
Risposta: Indici similari si utilizzano nelle analisi delle serie storiche (Time series); stiamo scrivendo un articolo su questa applicazione per sottoporlo ad una rivista scientifica.
c’è qualche giudizio finale sull’adeguatezza di questi indici in condizioni di bassa incidenza di casi con sintomi e di identificazione di casi asintomatici?
Il problema dei casi asintomatici riguarda soprattutto l’Rt, che utilizza come informazione la data di inizio sintomi evidentemente non rilevabile nei casi asintomatici, e non l’RDt che utilizza l’informazione della data del tampone. Entrambi gli indici devono essere letti con molta prudenza quando le frequenze diventano minime e comunque devono essere valutati congiuntamente all’andamento dell’incidenza e degli altri indici epidemici.
nelle attuali condizioni di focolai epidemici relativamente circoscritti, come si può tenere conto della componente spaziale negli indici da utilizzare per i decisori?
Questi indici misurano l’odd di una popolazione tra momenti temporalmente successivi in un’analisi unidimensionale; si può estendere il metodo introducendo la dimensione spaziale e quindi calcolando l’odd sia nel tempo che nella distanza. I metodi per queste analisi sono in via di sviluppo e valutazione e hanno due aspetti critici: il primo è se l’informazione georeferenziata (residenza) sia realmente rilevante per il contagio e il secondo è che queste analisi hanno senso se colgono lo scenario del contagio e quindi analizzano dati ad una scala ridotta alla quale però corrispondono frequenze molto limitate che rendono la loro applicabilità problematica.
Per Michela Baccini: gli infetti non notificati come sono stati calcolati?
Michela Baccini: gli infetti non notificati non sono calcolati, sono generati da modello. Questo è un motivo per cui, se si vuole stimare la letalità (probabilità di morire per un infetto), è necessario fissare dei parametri. Nel primo modello abbiamo proprio fissato la letalità da letteratura. Nel secondo modello abbiamo ricavato da letteratura e dati da un’indagine locale la probabilità di essere notificato per un infetto.
Commenti dal pubblico
Più che l’Rt come stima puntuale sarebbe utile visualizzare la distribuzione degli Rt nazionali per provincia (più stima incertezza locale). La distribuzione dei casi è troppo clusterizzata per dare troppo peso ad un unico Rt nazionale. Lo shape di questa distribuzione sarebbe molto più utile per seguire l’epidemia.
