1) Elezioni della Segreteria, del Presidente e del Vice-presidente

La Segreteria è composta da un Presidente, da un Vicepresidente e da sette membri; viene rinnovata ogni due anni. Allo scadere del biennio il Vicepresidente uscente diventa automaticamente Presidente della nuova Segreteria. Il nuovo Vicepresidente e gli altri membri vengono eletti durante l'assemblea ordinaria; i membri uscenti non possono essere immediatamente rieletti.
La scheda elettorale reca due spazi distinti per la scelta del Vicepresidente e per la scelta dei sette Consiglieri di Segreteria. Ciascun socio elettore indica una sola preferenza per il Vicepresidente e fino a tre preferenze per i Consiglieri di Segreteria. Sono ammesse le candidature di uno stesso socio sia alla carica di Vicepresidente sia a quella di Consigliere di Segreteria ma i voti ottenuti per ciascuna delle due cariche non sono cumulabili.
Se si verificano situazioni di parità di voti per la carica di Vicepresidente si procede al ballottaggio, mentre per la carica di membro di segreteria si procede per sorteggio.
Il Presidente e il Vicepresidente che si dimettano dalla loro carica rimangono membri della Segreteria.
Se viene a mancare per dimissioni od altro il Presidente, allora il Vicepresidente gli subentra anticipatamente rispetto alla scadenza del biennio. Se viene a mancare invece il Vicepresidente gli subentra il membro di Segreteria eletto con maggior numero di preferenze globali fino alla scadenza del biennio, quando verranno eletti in tal caso tutti i membri della nuova Segreteria: per la votazione del Presidente si procederà con una preferenza a parte che non sarà conteggiata per l'elezione degli altri membri.Se infine viene a mancare alla Segreteria uno degli altri membri, vi subentra il primo dei non eletti e in mancanza di questi il posto rimane vacante. Se durante un biennio viene a mancare la maggioranza dei membri di Segreteria il biennio si deve considerare automaticamente concluso e si devono indire nuove elezioni da parte della Segreteria uscente anche se dimissionaria.
Nell’Assemblea precedente a quella delle elezioni viene nominata una commissione per le candidature, composta da 3 soci scelti dall’Assemblea stessa. La commissione deve esprimere entro 30 giorni dalle elezioni almeno 2 candidature a Vicepresidente e almeno 10 candidature a Consigliere. Le proposte della commissione vengono diffuse tra i soci nei giorni precedenti l’Assemblea. Alle proposte della commissione si aggiungono le candidature a Vicepresidente ed a Consigliere avanzate da parte di qualsiasi socio durante l’Assemblea.

2) Sezioni regionali

Scopo delle sezioni regionali, è la promozione dell'epidemiologia a livello locale, in base agli obiettivi stabiliti dall'art. 1 dello Statuto. Le sezioni devono garantire un livello sufficiente d’attività locali, mentre eventuali iniziative di carattere nazionale possono essere organizzate solo in accordo con la segreteria nazionale.
Le sezioni, che possono essere regionali o interregionali, vengono istituite facendo seguito a proposta scritta alla Segreteria AIE di almeno 10 soci dell'AIE operanti nella regione ove s’intende avviare la stessa.  I soci promotori della sezione regionale sono tenuti a comunicare a tutti i soci AIE della regione (i cui nominativi sono trasmessi dalla Segreteria) tutte le scadenze ed attività che saranno programmate.
Su indicazione della sezione regionale, la segreteria AIE nomina non più di 2 rappresentanti della sezione regionale con un mandato biennale. I rappresentanti regionali possono svolgere fino a un massimo di due mandati consecutivi. Essere rappresentante regionale è incompatibile con essere componente della segreteria.
Le sezioni regionali devono favorire l’adesione di nuovi soci all’associazione. Pertanto, solo i soci AIE possono partecipare alle attività delle sezioni regionali, con l’ovvia eccezione delle iniziative allargate di tipo seminariale.
I costi delle attività delle sezioni regionali non incidono sulle risorse dell’AIE. Le sezioni non dispongono di autonomia di bilancio. Le sezioni regionali lavorano nell’AIE e per l’AIE. Gli eventi regionali sono programmati in modo da non interferire con la programmazione nazionale. I rappresentanti delle sezioni regionali operano in stretto contatto con la segreteria AIE alle cui riunioni possono partecipare, su invito.
Qualora le attività di una sezione regionale si pongano in conflitto con gli obiettivi statutari o in conflitto o competizione con le indicazioni della segreteria, la segreteria può rimuovere il rappresentante o, in casi estremi, sciogliere la sezione.

3) Gruppi di lavoro

Per armonizzare lo sviluppo dell'Associazione e per favorire la collaborazione tra i soci si auspica la formazione di gruppi di lavoro.La costituzione di nuovi gruppi di lavoro è demandata all'assemblea. I gruppi di lavoro sono coordinati dalla segreteria che deve designare un responsabile.
Qualsiasi attività esterna ai gruppi che in qualsiasi modo coinvolga il nome dell’associazione deve essere preventivamente autorizzata dalla Segreteria. Il mandato dei gruppi di lavoro è rinnovato annualmente dalla Segreteria ed il termine dell'attività di un gruppo di lavoro è ratificato dall'Assemblea .

4) Quote sociali

La riscossione delle quote sociali dei soci avviene al momento dell'iscrizione all'assemblea annuale; i soci assenti sono tenuti ad inviare al tesoriere la quota associativa entro lo scadere dell'anno sociale.
La quota associativa è determinata dalla segreteria dell’associazione e comunicata ai soci per approvazione nel corso dell’assemblea annuale. Per favorire l’adesione all’associazione dei giovani epidemiologi, oltre alla quota associativa ordinaria, è prevista anche una quota associativa ridotta riservata ai soci non ancora strutturati e con rapporto di lavoro precario.
La Segreteria può, ai sensi dell'art. 2 dello Statuto, stipulare accordi per la diffusione a prezzi agevolati della Rivista Epidemiologia & Prevenzione.
Tali accordi possono prevedere l'aumento della quota di iscrizione annuale con inclusione del prezzo dell'abbonamento alla rivista Epidemiologia & Prevenzione.
La Segreteria può altresì stabilire quote di iscrizione ridotte per alcune categorie di soci.
La quota di partecipazione alla riunione scientifica annuale da diritto all'iscrizione all'Associazione Italiana di Epidemiologia per l'anno in corso a coloro che ne hanno titolo in base agli articoli 3 e 4 dello Statuto.

5) Obblighi fiscali

E' fatto obbligo alla Segreteria, nella persona del Tesoriere, di redigere un rendiconto economico e fiscale annuale, anche nella forma di bilancio, entro la fine dell'anno fiscale, che verrà sottoposto all'approvazione dell'Assemblea.